在基本农田单独建设农机合作社是不合法的。但是,粮食规模化种植大户,用于粮食粮食贮存、农机存放和晾晒场确实需要占用基本农田的,经农业主管部门和国土资源主管部门论证后可以占用的,必须补划面积相同、质量相当的基本农田。