秦姓主要有四个来源，列举如下：
1、源于姬姓： 这是中国秦姓的主体来源，也是较好早的源头，始于西周初年鲁国国君伯禽（姬姓）的一支后裔，因为封邑在“秦邑”（河南范县内）而以邑为氏；
2、源于嬴姓： 具体地说是源于被推翻的秦朝皇族后裔。《元和姓篡》记曰：“伯益裔孙非子周孝王封之秦陇西秦亭也，至始皇帝灭六国，子婴降汉，子孙以国为氏。”
意思是嬴姓始祖伯益的后裔非子被周孝王封于秦亭成为附庸，直至秦始皇扫灭六国后不久又被汉王刘邦攻入咸阳，子婴向刘邦投降，秦国灭亡，其公室子孙将国号“秦”作为自己的氏。
秦国和秦朝的君主以及王族本身是姓赵的，与他们有关系的秦姓始于秦朝灭亡后，而不是始于非子立国；没有哪个史料记载非子受封后改为秦氏，事实上氏只是普通贵族才需要，国君无需命氏。
非子因为在立国前已经有氏，而立国后不需要另外命氏，所以他和后代们（秦国秦朝的王室皇族）仍然是赵氏，故秦始皇名为“赵政”。
3、源于少数民族汉化： 在漫长的民族融合过程中，大量少数民族人口并入汉族，其中一些人选用了“秦”字做为自己的姓（氏）；
4、源于外籍归化： 主要是汉晋时代，有一些来自罗马帝国的乔民，居留于中华，后代以其祖国国号(汉晋称罗马帝国为大秦）为姓（氏)。